Бедийский собор был построен в честь иконы Влахернской Богоматери царем Багратом III (978-1014гг.), который унаследовал Абхазское и Картлийское царства, став, таким образом, первым правителем объединенного государства.
Принимала участие в строительстве храма и мать Баграта — царица Гурандухт (сестра абхазского царя Феодосия Слепого). Она принесли в дар обители искусно выполненную и богато украшенную золотую престольную чашу с изображениями апостолов.
На чаше вычеканена надпись: «Святая Матерь Божия, будь ходатайницей перед Сыном Твоим за абхазского царя Баграта и матерь его царицу Гурандухт, пожертвовавших сию чашу, украсивших сей алтарь и построивших сию святую церковь».
В XIX веке чаша хранилась в ризнице Илорского храма. Сейчас она находится в Музее искусств Грузии (Тбилиси). Бедийский храм согласно преданию по завещанию Баграта III стал его усыпальницей. Стены храма богато расписаны фресками, выполненными в разное время. Наиболее древние росписи сохранились на южной стене.
Это изображения Баграта III и нескольких знатных лиц. В алтаре на северной стене можно увидеть росписи по евангельским сюжетам («Исцеление слепого», «Христос и самаритянка»). На западной стене изображен византийский император Константин Великий. Храм славился также своей богатой утварью.
